Τo Τμήμα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων & Αλιείας είναι αρμόδιo για:
- την χορήγηση άδειας συλλογής υδρόβιων οργανισμών για ερευνητικούς σκοπούς
- την ίδρυση ιχθυοσκαλών και καθορισμός της έδρας αυτών
- την κατάρτιση προγραμμάτων ιχθυοτροφικής ανάπτυξης των ορεινών ρεόντων υδάτων
- τα θέματα μίσθωσης υδάτινων εκτάσεων για ίδρυση, επέκταση ή μετεγκατάσταση μονάδων υδατοκαλλιέργειας εντατικής ή ημιεντατικής μορφής και
- τα θέματα γεωργικών εκμεταλλεύσεων στο πλαίσιο των σχετικών κανονιστικών ρυθμίσεων.