Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου έχει ως αρμοδιότητα τον έλεγχο της διοικητικής δράσης των Υπηρεσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αττικής, ώστε να προλαμβάνονται και αποκαθίστανται διοικητικές και οργανωτικές δυσλειτουργίες.