Το Τμήμα Προϋπολογισμού, Δημοσιονομικών Αναφορών και Πληρωμών, είναι αρμόδιο ιδίως για:

• την κατάρτιση του τακτικού προϋπολογισμού της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, την παρακολούθηση και εποπτεία των οικονομικών μεγεθών από όλες τις πηγές χρηματοδότησης,
• την αποτελεσματική διαχείριση και το συντονισμό των ενεργειών που αφορούν και έχουν επίπτωση στην κατάρτιση, αναθεώρηση και υλοποίηση του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου Δημοσιονομικής Στρατηγικής (ΜΠΔΣ) που περιλαμβάνει τις ετήσιες και μεσοπρόθεσμες δημοσιονομικές προβλέψεις,
• την παρακολούθηση των οικονομικών εξελίξεων και την τήρηση όλων των οδηγιών του Υπουργείου Οικονομικών και του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους σχετικά με την κατάρτιση και αναθεώρηση του ΜΠΔΣ και του προϋπολογισμού σε οποιαδήποτε χρονική στιγμή κατά τη διάρκεια του έτους,
• θέματα πληρωμών, όπως την παραγωγή στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Δημοσιονομικής Πολιτικής (ΟΠΣΔΠ) ηλεκτρονικών εντολών μεταφοράς και πίστωσης λογαριασμού προς την Τράπεζα της Ελλάδος για την εξόφληση των εκδιδόμενων χρηματικών ενταλμάτων με πίστωση των τραπεζικών λογαριασμών των δικαιούχων και την απόδοση των διενεργούμενων κρατήσεων υπέρ τρίτων σε αυτούς, τη μέριμνα για τη διενέργεια συμψηφισμών και απόδοση στο Δημόσιο και στα οικεία ασφαλιστικά ταμεία των οφειλών των δικαιούχων που αναγράφονται στις σχετικές βεβαιώσεις φορολογικών και ασφαλιστικών οφειλών, την ενημέρωση των δικαιούχων και των φορέων για την έκδοση χρηματικών ενταλμάτων και την πληρωμή των δικαιούχων, την καταχώριση στοιχείων και τήρηση των Μητρώων Κατασχέσεων και Εκχωρήσεων.